Bei den Außenaufnahmen der Waldzustandserhebung werden für jeden Probebaum äußerlich sichtbare Schädigungen der Krone mit eindeutig erkennbarer Ursache gesondert festgehalten. So werden Schäden durch nadelfressende Insekten, Pilzbefall von Nadeln, Schäden durch Hagelschlag, Abbrüche starker Äste oder ganzer Kronenteile und auch Beschädigungen des Stammes notiert. Seit 1993 wird auch die Ursache für das Ausscheiden eines Probebaumes festgehalten. Damit ist es möglich, Schädigungen durch Sturmwurf, Insekten- oder Pilzbefall auch bei den aus dem Kollektiv ausgeschiedenen Probebäumen zu erfassen. Ausmaß und Einfluss von Insekten- oder Pilzbefall oder Schäden durch Hagel, Schneebruch oder Sturm werden im Vergleich zu den Befunden auf den Dauerbeobachtungsflächen und unter Berücksichtigung der Meldungen der Forstämter und der Untersuchungen zum Waldschutz bewertet.

Bei Kiefer wurde während der Waldzustandserhebung 2020 an 9 % der Probebäume Schäden durch Insektenbefall beobachtet, jedoch nur leichter Befall. Häufig handelt es sich um den Reifefraß des Waldgärtners, durch den einzelne einjährige Triebe absterben. Bei wiederholtem Befall kann es in der Folge zu Störungen im Aufbau der Verzweigung kommen. Pilzbefall an Nadeln (Kiefernschütte) oder Kienzopf wurde nicht notiert.

In Rheinland-Pfalz ist an 17 % der Kiefern Mistelbefall festgestellt worden, der Schwerpunkt liegt dabei in der Rheinebene, hier ist über die Hälfte aller Kiefern-Probebäume mit Misteln befallen. Misteln wurden an Kiefern unterschiedlicher Kronenverlichtung beobachtet.

Im langjährigen Schnitt liegt die Ausscheiderate für Kiefer bei 1,9 % und ist damit im Vergleich zum Gesamtkollektiv knapp unter dem Schnitt. Es zeigt sich, dass die Mehrzahl dieser Kiefern im Zuge der geplanten Holzernte aus dem Probebaumkollektiv entnommen wird, aber in einzelnen Jahren sind auch Sturmwurfereignisse bedeutsam. Im Jahr 2020 waren drei Kiefern-Probebäume tot und stehen mit 100 % Nadelverlust weiterhin im Probebaumkollektiv, davon ist einer frisch abgestorben, die anderen zwei waren bereits im Vorjahr tot.

Die Kiefer erleidet immer wieder Schäden durch Kronenbrüche, meist nach Nassschnee. So lässt knapp ein Drittel aller Probebäume ältere Kronenbrüche oder Abrisse stärkerer Äste erkennen. Frische Kronenbrüche waren in 2020 an zwei der Probebäume festgestellt worden. Bei starker Windbewegung können die Zweigspitzen benachbarter Baumkronen aneinander schlagen und so Nadeln verlieren, diese "Peitschschäden" waren an einzelnen Probebäumen  zu beobachten. Kronenbrüche oder Astabrisse und Peitschschäden werden als rein mechanische Schäden soweit wie möglich bei der Begutachtung des Nadelverlustes ausgeklammert. In der Folge wird die Ansprache der Kronenverlichtung aber erschwert, da insbesondere ältere Kiefern die so entstandenen Lücken nicht mehr durch Ersatztriebe ausfüllen und einmal durch Abschattung beeinträchtigte, untere Zweigpartien nur zögerlich wieder vollere Benadelung entwickeln.

Die Kiefer reagiert sehr empfindlich auf Hagelschäden und stirbt meist innerhalb eines Jahres ab. Das Absterben wird häufig durch eine Pilzinfektion (Sphaeropsis sapinea) an der Vielzahl der Rindenwunden verursacht. Je nach Intensität des Hagelschlages ist es möglich, dass auch nur die dem Hagel besonders exponierten Kronenteile betroffen sind. Es ergibt sich dann in den Kiefernbeständen ein typisches Schadbild: Die der Richtung des Hagelsturms zugewandten Waldränder und Kronenteile sind abgestorben und zeigen rotbraune Nadeln, die abgewandten, geschützten Astpartien sind dagegen noch grün. Gewitter mit heftigerem Hagelschlag treten aber meist nur lokal auf. Im Jahr 2008 verursachte ein schwerer Hagelsturm im Pfälzerwald auf rund 300 ha Schäden besonders an Kiefer. Wegen des örtlich begrenzten Charakters der Hagelstürme werden Probebäume der Waldzustandserhebung nur zufällig betroffen, was in den letzten Jahren, auch in 2008, nicht der Fall war.

Stammschäden treten immer wieder auf und bleiben ein Leben lang sichtbar. So hat insgesamt gut ein Viertel aller Probebäume einmal Stammschäden erlitten.

An rund 5 % der Kiefern sind in der Lichtkrone abgestorbene Zweige oder Äste zu sehen, ohne dass ein Grund für diese Absterbeerscheinungen erkennbar wäre. Das Ausmaß dieses Dürrreisigs am Einzelbaum wird abgeschätzt  und bei der Beurteilung seines Nadelverlustes mit berücksichtigt.